"קוד צבאי" היא דרמה על המוחות המבריקים ביותר בצבא, שמתמודדים עם האתגרים המשפטיים הקשים ביותר שעומדים בפני כוחות ארה"ב. בתפקידם כתובעים, סנגורים וחוקרים, החיילים האלו עובדים יחד ומשרתים את ארצם בנאמנות, לעיתים קרובות מניחים בצד את דעותיהם האישיות לטובת הצדק.

הם עובדים במנהלת הפרקליט הכללי בקוונטיקו: קפטן ג'ון "אייב" אברהם הוא תובע נחוש שבא ממסורת משפחתית ארוכה של נחתים ורואה בתפקידו שליחות חשובה. חברתו, קפטן מאיה דובינס היא סנגורית מובילה שלא מהססת אף פעם לצאת נגד חבריה אבל היא גם אשת צוות שתשתף פעולה, כל זמן שהמטרה היא להגיע לאמת. מייג'ור טריי פרי הוא מפקדו הרהוט והחכם של אייב מטעם התביעה, שחוקר חשודים בתקיפות אך בהוגנות וכמובן קומנדר גלן טרנבול (דיינה דלייני, "עקרות בית נואשות", "בגוף ההוכחה") אחת מהקצינות הבכירות ביותר במשרד הפרקליט הכללי, שדורשת מעצמה ומאנשיה מצוינות וחתירה לאמת.