Wanneer ze per ongeluk naar het Jurassic-tijdperk worden getransporteerd, moeten de Teenage Mutant Ninja Turtles hun weg vinden door prehistorische dinosaurussen om naar huis terug te keren, terwijl ze worden geconfronteerd met gevaarlijke buitenaardse wezens uit de toekomst die een snode plan voor hen hebben. Maar de zaken worden nog ingewikkelder met de komst van Triceratons, Bebop en Rocksteady.