L'anno è il 2030 e sono passati sei anni da quando un criminale conosciuto solamente come "L'uomo che ride" spazzò le principali imprese di nanotecnologie mediche commettendo atti di cyber-terrorismo, rapimento e spionaggio senza lasciare indizi. Delle nuove informazioni sono rivelate e la Sezione 9 si mette alla ricerca di un sospetto capace di azioni inimmaginabili.

La Sezione 9 è alle prese contro un gruppo di criminali chiamati gli "Undici Individuali". Il tutto inizia con l'assalto all'ambasciata cinese e continuerà in una serie di attentati da parte del gruppo, il quale ha come scopo rendere indipendenti i profughi rifugiatisi in Giappone dopo la quarta guerra mondiale. Ben presto si capirà che il caso degli "Undici Individuali" è qualcosa di ben più grosso e che si nasconde qualcuno dietro a tutto ciò che sta accadendo, ma per scoprirlo non c'è altro modo che guardare e scoprire.

Nel 2034, la Sezione di Pubblica Sicurezza Numero 9 è ancora attiva e si appresta a risolvere un nuovo cyber crimine. Un misterioso terrorista sta diffondendo un virus (elettronico) che provoca reazioni suicide negli individui che ne vengono infettati, ma dopo che il maggiore Motoko Kusanagi aveva lasciato la sezione (ben 2 anni prima), molto sembra essere cambiato all'interno di questa squadra speciale. Durante le indagini comunque, un terribile dubbio salterà in mente agli uomini della Sezione 9: il maggiore Kusanagi potrebbe avere qualcosa a fare con i sanguinosi attentati delle persone colpite dal virus. Tutta la storia si dirama nella ricerca della verità, e non senza colpi di scena si arriverà a scoprire manovre segrete di cui lo stesso governo nazionale potrebbe essere il promotore segreto.

In questo remake cinematografico della prima stagione di "SAC_2045", Motoko Kusanagi e la Sezione 9 tornano per sventare una nuova pericolosa minaccia nell'anno 2045.

In 2045, amidst an economic disaster and the rapid evolution of AI in a world where sustainable warfare is on the rise, Public Security Section 9, led by Motoko Kusanagi, arrives in Tokyo to confront the "post-human" Takashi Shimamura and prevent the looming threat of nuclear war. A compilation film with newly added footage.