游行群众纷纷抗议政府的卖水行为，事态陷入混乱。公安9课强行采取控制，此时发生多起Ghost Hack事件，部队人员开始袭击群众，并自相残杀。导致电子脑被夺取的元凶是震网型病毒，公安9课调查后对黑客的所在位置发起攻击。在事件发生地，突然出现了全身义体化的神秘少女……

草薙等人将全身义体化的少女押送到陆军501机关进行分析，原来少女是以战后技术为基础的特殊间谍。她担任搜寻稻草人的任务，而稻草人正是袭击了服务器的嫌疑犯。草薙得知了稻草人的真实身份，名为布林达朱尼亚的会计师。为了查出幕后黑手，草薙决定潜入稻草人的Ghost进行调查。