林肯·伯罗斯目前正在死囚牢房，并将在几个月内因谋杀罪而被执行死刑，但迈克尔坚信他没有犯罪。 由于没有其他选择，而且时间紧迫，迈克尔采取了非常的措施，陪着自己的哥哥一起被监禁。一旦入狱，迈克尔，拥有监狱蓝图的结构工程师，便开始执行精心设计的计划，以帮助林肯越狱，证明林肯是无辜的。

随着种族紧张情绪在监狱内蔓延开来，维罗妮卡深入研究了林肯的案子，迈克尔试图得到一种药物，帮助他检测糖尿病呈阳性，并确保他可以在逃生计划中使用大螺栓。

时间不多了，迈克尔必须争取他的室友苏克雷的帮助，以执行他精心制定的逃生计划。但苏克雷不想参与其中，并要求进行更换牢房，而迈克尔的新狱友海维尔比他听说的还糟。与此同时，维罗妮卡遇到了一位可能能够帮助阻止林肯执行死刑的女士。

当海维尔看到迈克尔的计划时，这进一步拖延了他逃跑的时间表。同时，苏克雷改变了主意，林肯对其死刑处决的梦魇缠身，愈演愈烈。在监狱外，维罗妮卡与辩护律师一起工作，他不仅仅是有正义才这么有干劲的。

凯勒曼和黑尔拜访了沃登·蒲伯，他的过去可能并不像看起来那样美好。 同时，迈克尔得知，如果没有林肯，他离开福克斯河的时间可能比他预期的要早得多。 在监狱外，维罗妮卡和尼克为证明林肯的纯真而展开的调查，使她对自己产生了怀疑。

迈克尔调高了发火力，突破了他的牢房壁的另一侧，外面的人计划将林肯的行刑日期提前。与此同时，监狱里爆发了一场全面的骚乱，危及生命也让T-Bag有机会发现一个惊人的秘密。在监狱外，维罗妮卡和尼克来到了华盛顿特区寻找线索。

随着全面骚乱升级，迈克尔面临着有关萨拉医生生命的艰难决定，而阿布鲁齐和苏克雷联手打破了魔鬼的背。与此同时，T-Bag继续寻求被纳入逃生计划时，他尝到了血的味道。林肯也面临着一场潜在致命的对抗。

迈克尔的计划遇到了障碍，因为他发现一个对逃跑至关重要的旧储藏室被改成了休息室。与此同时，LJ继续潜逃，阴谋组织又夺走了三条人命。在监狱外，维罗妮卡和尼克得到一个爆炸性的警告，让他们放弃调查，一个神秘女人的身份最终被揭露。

当阿布鲁齐被降职后，整个越狱计划都陷入了危险之中。和T-Bag最近的关系恶化了，所以他把目标锁定在了新的人身上，而迈克尔既想要保护这个新来的孩子，又担心T-Bag会把逃跑计划透露给警卫。两条人命在身，LJ选择逃命。

为了让阿布鲁齐重新掌握监狱的指挥权，并使逃生计划重回正轨，迈克尔必须将斐波那契的住所告诉给费利·法尔佐恩。 同时，随着逃生帮派的成长，迈克尔和萨拉医生变得越来越亲密。在监狱外，凯勒曼和黑尔得到了一些不必要的帮助来追踪LJ，维罗妮卡和尼克取得了新进展。

萨拉医生和逃生帮派震惊地发现了迈克尔最新来访者的身份，他为他带来了一份无价的计划。 同时，贝里克上尉变得更加可疑，而吐温纳的扒窃技巧为迈克尔赢得了一些宝贵的时间。 奎因在监狱外引诱维罗妮卡、尼克和LJ到树林里的小屋里，而凯勒曼和黑尔却有着致命的分歧。

在证明自己的逃生计划正在奏效的情况下，迈克尔必须适应他最后一个障碍的极限。 随着越狱时间的临近，小团体试图减员一人。 在监狱外，LJ溜走参加他母亲的葬礼，维罗妮卡接到了一个不太可能的消息来源的电话，让她对案子有所了解。

第二天林肯就要被处决了，维罗妮卡找到了他，并在这个过程中获得了一个有新闻价值的盟友。与此同时，迈克尔必须想办法把林肯从单独监禁中解救出来。囚犯冒着一切风险，他们试图逃离他们的生活。

迈克尔尝试破坏电椅，以延迟林肯的电击死刑但以失败告终，林肯快没时间了。维罗妮卡和尼克申请验明特伦斯·斯特德曼的尸体。

亲眼看见自己父亲执行死刑的林肯在当法官宣判泰伦斯·斯特德曼的尸体可以检验时，赢得了两周时间。苏克雷打电话提醒迈克尔可以通过复杂的排水系统验证通往医务室的新路线。

三年前的一系列片段揭露了林肯，苏克雷，T-Bag, C-Note和莎拉医生是如何进入福克斯河州立监狱的，以及是什么驱使迈克尔精心策划了一个计划，让他被判有罪的兄弟逃出监狱。

当迈克尔努力回忆监狱结构图中缺失的部分时，狱长蒲伯因为他拒绝说出名字而将他单独监禁。与此同时，在搜索队找到之前，苏克雷在警卫室的逃生洞铺路。

被转移到精神病区后，迈克尔试图清理海维尔的大脑，并唤醒他对丢失的蓝图纹身的记忆;贝里克想把迈克尔的手机拍卖给出价最高的人;C-Note和T-Bag必须在一场高风险的扑克游戏中合作，而苏克雷的堂弟芒什似乎掌握着所有的筹码。

这位神秘男子向林肯暴露了自己的意图以及他与他的坏伙伴的联系。 迈克尔意识到萨拉掌握了逃生计划的关键，他将他们的关系提升到另一个层次；福克斯河变成了暴民的狂欢。吐温纳必须选边站；贝里克最终可能会在“他的钥匙”上发现“漏洞”的真相。

威斯特摩兰用贝里克在堵塞了逃生计划中的一个漏洞。这迫使迈克尔必须将越狱时间提前。令人恐惧的吐温纳承诺忠于迈克尔。而作为回报，他可能会免费出狱。迈克尔认为他别无选择，只能让萨拉参与该计划，并且必须出卖他父亲。维罗妮卡与其最亲密的盟友发现自己的生活处于危险之中，而后者与福克斯河的一名囚犯有着令人惊讶的联系。

萨拉医生质疑自己是否应该为迈克尔走后门，他必须背叛蒲伯完成自己的越狱计划。维罗妮卡找到证据将她引导去蒙大拿州，但意识到她最亲密的盟友实际上可能是她最大的敌人。迈克尔林肯和其他囚犯在休息，但在警报响起后，找出谁将在监狱外，谁将被留下来以及谁将死在监狱中。

随着逃生计划的进行，迈克尔，林肯和囚犯冒着生命危险和被俘虏的危险。监狱长蒲伯和贝里克上尉不断追捕逃犯。副总统担心她会失去指挥权甚至是生命；维罗妮卡找到了最重要的证据，以证明林肯的清白。