迈克尔尝试破坏电椅，以延迟林肯的电击死刑但以失败告终，林肯快没时间了。维罗妮卡和尼克申请验明特伦斯·斯特德曼的尸体。

亲眼看见自己父亲执行死刑的林肯在当法官宣判泰伦斯·斯特德曼的尸体可以检验时，赢得了两周时间。苏克雷打电话提醒迈克尔可以通过复杂的排水系统验证通往医务室的新路线。

随着逃生计划的进行，迈克尔，林肯和囚犯冒着生命危险和被俘虏的危险。监狱长蒲伯和贝里克上尉不断追捕逃犯。副总统担心她会失去指挥权甚至是生命；维罗妮卡找到了最重要的证据，以证明林肯的清白。

在逃离福克斯河监狱八小时后，克尔，林肯，苏克雷，阿布鲁齐和C-Note都在逃命而贝里克则带领狱警追捕逃犯。萨拉医生因服药过量而生命垂危;维罗妮卡被特伦斯囚禁。 T-Bag试图在逃离当局的过程中占据上风。事实证明，联邦调查局的一名新负责人是斯科菲儿德的得力搭档。

迈克尔对马宏的妻子采取了行动，希望能挖出追捕他的人的丑事。林肯和LJ的公路旅行很不舒服;C-Note的妻子必须在丈夫和女儿之间做出选择;T-Bag寻找旧爱的时候，收到了一个不受欢迎的惊喜。

迈克尔、林肯和凯勒曼在试图抓捕特伦斯·斯蒂德曼的过程中遇到了一点障碍。马宏家里遭遇了悲剧;当一个狱友对他好的时候，贝里克变得不适应;C-Note作为一个单亲母亲面临着逃亡的生活;T-Bag迫使霍兰德家族和他一起过家家。

迈克尔争分夺秒地营救林肯，并在马宏自己的终极游戏中击败了他;苏克雷冒着生命危险去救失踪的马里克鲁兹; 凯勒曼在萨拉的审判中的证词证明是致命的;T-Bag和贝里克发现自己在巴拿马河上游。

迈克尔·斯科菲儿德被关进了索纳监狱，这是一座地狱般的、致命的巴拿马监狱。这个地方之前发生暴乱迫使当局下台，囚犯们自己决定自己的生活(和死亡)。随着他所爱的人的命运悬而未决，迈克尔必须找到隐藏在监狱下水道系统中的神秘狱友惠斯勒，以便将他从没有出路的监狱中解救出来。同时，林肯在寻找失踪的萨拉时收到关于LJ的令人不安的消息。

当一名囚犯被发现被谋杀时，惠斯勒成为了头号嫌疑人，迈克尔必须证明他的清白才能救他的命。迈克尔要求苏珊提供萨拉还活着的证据，否则他将取消越狱计划;林肯和索菲亚监督警卫们的早晨仪式;在这集特别的两部分里，马宏得到了一个可以让他离开索纳监狱的机会。

迈克尔和他的狱友从索纳逃脱，但越狱并未像所有人的计划那样进行。

为了救LJ和索非亚的命，迈克尔和林肯必须将惠斯勒交给苏珊。马宏抓住了千载难逢的机会； T-Bag在索纳展示了谁才是老大；熟悉的面孔回到索纳，而另一人则被装进尸体袋而离开。

迈克尔在洛杉矶发现了令人难以置信的消息，他想为萨拉的死报复惠斯勒和格雷琴。马宏遭受了毁灭性的损失。迈克尔和林肯与同伴们重聚，并接到了一个他们无法拒绝的国土安全局特工的邀请。

迈克尔和时间争分夺秒，带着虚弱的身体闯入“公司”总部，偷走“锡拉”，但成功的关键在于苏克雷。格雷琴盛装打扮，准备与将军会面，并进行最后一次尝试，试图拿到最后一张卡的钥匙。T-Bag必须做出决定，他将永久放弃犯罪的想法。

林肯和他的新搭档来到迈阿密，从令人震惊的新主人那里找回“锡拉”，萨拉在寻找失踪的迈可尔，迈克尔得知了一些关于他过去的惊人信息。与此同时，一场欺骗导致了死亡和逮捕。

迈克尔和林肯安排了交易的地点，并已知道如果交出了锡拉，所有知情人都无法活下来。