Batman è sulle tracce di una misteriosa svaligiatrice vestita da gatto e contemporaneamente Bruce Wayne conosce l'animalista Selina Kyle; la donna è interessata a trasformare un terreno desertico in una riserva protetta, mentre una multinazionale vuole costruirci un centro turistico.

Un enorme pipistrello deruba alcune aziende farmaceutiche: il sindaco Hill accetta la proposta di Bullock, cioè di rintracciare e catturare il responsabile, da molti ritenuto Batman. Il vero uomo pipistrello però indaga su alcuni peli, appartenenti probabilmente ad un pipistrello, e scopre come lo zoologo del Gotham City Zoo, Kirk Langstrom abbia sperimentato su di sé un siero per migliorare le capacità dell'uomo con quelle dei chirotteri. Batman lo ferma, e gli inietta un antidoto.

La GothCorp continua a subire furti: il responsabile è l'ex scienziato Victor Fries, che desidera vendicarsi di Ferris Boyle, che anni prima aveva interrotto un esperimento di criogenia con il quale avrebbe potuto salvare la moglie Nora. Quando il criminale irrompe in una festa di beneficenza per eliminare Boyle, Batman interviene.

Bruce Wayne viene incastrato per il tentato omicidio di Lucius Fox; in realtà il colpevole è Matt Hagen, attore con il volto devastato ma tornato alla ribalta grazie alla crema "Rinnovarsi", in grado di regalargli nuove sembianze. Hagen è però ormai dipendente da quella crema, prodotta delle industrie del criminale Roland Daggett, che lo ricatta per i suoi loschi traffici, costringendolo ad assumere le fattezze di altre persone, come appunto Wayne.

Ormai ritenuto inutile, gli sgherri di Daggett cercano di eliminarlo facendogli ingerire una grande quantità di quella crema, ma inaspettatamente Hagen si trasforma in un essere d'argilla in grado di mutare forma. Assetato di vendetta, Hagen si fa chiamare con il nome di "Uomo d'argilla" e cerca di assassinare Daggett a uno show televisivo di cui è ospite. Batman interviene, e fra i due si scatena un combattimento che termina con l'apparente morte di Hagen, a causa di una scarica elettrica, prima rivelando ai poliziotti il suo potere di cambiare forma e quindi mostrandi che Bruce era innocente. Tuttavia, in seguito, Batman scopre che l'argilla di cui l'ex attore era composta è immune all'elettricità, difatti Hagen è ancora vivo e ha solo inscenato la sua morte.

Per il controllo del crimine in città, Rupert Thorne fa saltare in aria il rivale Arnold Stromwell, ma Batman lo salva e gli chiede di cambiare vita, mostrandogli anche il figlio, ricoverato in una clinica per tossicomani. Braccati da Thorne, Stromwell si ravvede veramente solo quando parla con il fratello, un prete che da piccolo gli salvò la vita.

Dopo una brutta giornata, Charlie Collins insulta un automobilista sconosciuto: in realtà quello è il Joker, che lo lascia stare in cambio di un favore. Due anni dopo infatti il Joker chiama Collins per fargli mantenere la promessa: dovrà aiutarlo per far saltare in aria Gordon, in una serata in suo onore.

Il piano è in realtà è solo una copertura per utilizzare l'area per dare dimostrazione della potenza di virus rubato all'esercito dall'organizzazione terroristica Red Claw. Batman e Catwoman uniscono le loro forze per cercare di fermarla.

Il procuratore distrettuale Harvey Dent collassa per avvelenamento e Batman sospetta dalla fidanzata, Pamela Isley. Scopre allora che dietro tutto vi è la donna, e cerca un antidoto per Harvey.

Un misterioso e folle criminale che si fa chiamare Spauracchio sta prendendo di mira l'Università di Gotham. Indagando, Batman scopre che l'ex professore Jonathan Crane, cacciato dall'ateneo, sta cercando di vendicarsi.

Durante un comizio, il sindaco Hill paragona Batman al Joker: quest'ultimo, offeso, decide di vendicarsi, recandosi alla festa di compleanno di Jordan, figlio del politico. Travestito dall'animatore "Gecko il Clown", il criminale tenta di eliminare gli invitati, ma l'attentato è sventato grazie a Bruce Wayne. Dopo aver litigato con il padre però Jordan scappa di casa, chiedendo a Gecko di diventarne apprendista. Batman li segue, e quando cade in trappola, il piccolo comprende le intenzioni del Joker e lo libera. Batman neutralizza poi il Joker, e Jordan fa ritorno da Hill.

L'affarista Roland Daggett progetta di creare una nuova area edificabile in Park Row, zona così malfamata da meritare l'appellativo di "vicolo del crimine". Batman cerca di eliminare le bombe che l'uomo ha fatto piazzare, e tra l'altro il luogo gli è caro: è dove i suoi genitori furono uccisi.

Un'azione di polizia coinvolge gli agenti Wilkes, Montoya e il detective Bullock. Ognuno di loro fornisce però una differente ricostruzione dei fatti.

L'avvocato Hamylton Hill consiglia al nevrotico Temple Fugate di rilassarsi, ma ascoltandolo, il secondo perde una grossa causa. Sette anni dopo, l'oggi Sindaco Hill viene perseguitato dal Re degli Orologi. Tocca quindi a Batman salvare il primo cittadino.

Il Joker diffonde per le strade gas esilarante e con i suoi uomini inizia a svaligiare la città. Quando anche Alfred viene contagiato, Batman rintraccia il criminale e sventa il suo piano.

Alcuni industriali spariscono dalla circolazione, e Batman scopre come siano stati tutti invitati alle "Terme dell'eterna giovinezza", centro benessere dove peraltro era stato invitato anche Bruce Wayne, che aveva girato l'invito ad Alfred. Dietro alle terme però vi è Edera Velenosa, tesa a trasformare in piante quegli stessi affaristi che avevano distrutto alcune foreste.

In piena campagna per la rielezione, il procuratore distrettuale Harvey Dent inizia a manifestare una feroce rabbia repressa, quasi nascondesse una seconda personalità. Il boss criminale Rupert Thorne, le cui attività illegali sono nel mirino della giustizia, viene a conoscenza di questa situazione, e decide di ricattarlo.

Un'esplosione in una raffineria devasta il volto del procuratore, che si trasforma in criminale, colpendo duramente gli affari di Thorne. La fidanzata Grace viene usata per arrivare a lui, e quando Thorne ha in pugno Dent, l'intervento di Batman ribalta la situazione, e l'Uomo Pipstrello riesce ad impedire che Dent uccida il boss.

Alcuni atleti di Gotham offrono pessime prestazioni, compreso il compagno di stanza di Robin, astro nascente del football. Quando lo stesso Robin resta vittima di fobie, Batman rintraccia un telegramma che accomuna i due giovani: entrambi lo hanno toccato con le mani, ed entrambi hanno subito gli effetti di una polvere che induce paura: Batman si mette così sulle tracce dello Spauracchio.

Batman sventa una rapina del Pinguino, intenzionato ad impossessarsi di un Uovo di Fabergé; sfortunatamente l'eroe rimane vittima di un gas, e resta fuori combattimento. Viene così soccorso da Sherman, giovane che vorrebbe diventare detective. Il ragazzino nasconde batman nel seminterrato di casa sua e lo difende dal criminale ed i suoi uomini.

Bullock viene incastrato per rapimento ed omicidio. Indagando, Batman scopre come l'ex wrestler Killer Croc fosse stato arrestato dal detective, e ora intende vendicarsi. Sebbene tra l'eroe e Bullock non corra buon sangue, Batman è deciso a scagionarlo.

Molti facoltosi cittadini sono ormai succubi di Nostromos, veggente che in realtà vuole truffarli. Bruce Wayne finge di unirsi alla sua "fratellanza" solo per smascherarlo e fermarlo.

Per indagare sulla scomparsa di alcuni uomini, Batman si traveste da senzatetto, ma viene rapito e perde la memoria. Si risveglia in un campo di prigionia, dove sono sequestrati gli uomini scomparsi, ora trattati come schiavi in una miniera d'oro illegale. Quando riacquista la memoria e viene raggiunto da Alfred, l'eroe salva la situazione.

Il progettista della WayneTech Jervis Tetch è innamorato della segretaria Alice, e quando il ragazzo la lascia, lui si fa avanti. I giovani però fanno pace, al che impazzisce: travestito dal Cappellaio Matto della sua favola preferita, usa la sua invenzione, un congegno che permette di controllare le menti degli altri, per costringere Alice ad amarlo. Bruce Wayne però scopre i piani del suo dipendente, e con i panni di Batman, interviene.

Il barone Jozek, furioso con Batman per averlo umiliato con un'intrusione e un interrogatorio mentre era a una cena con i suoi legami con la malavita, assume Josiah Wormwood, un maestro nel piazzare trappole, per dare la caccia a Batman e riportare indietro il mantello e il cappuccio dell'eroe.

Inseguendo alcuni criminali, Batman viene travolto da un misterioso apparecchio e perde conoscenza. La mattina seguente, al suo risveglio, cerca di capire da Alfred come abbia fatto a tornare nella sua villa. Il maggiordomo, però, gli spiega che probabilmente ha fatto solo un brutto sogno.

Batman nota una serie di furti compiuti da ragazzini. Seguendoli, scopre che sono tenuti in una sorta di prigionia nel sottosuolo della città, ingannati e diretti da un pazzo che si fa chiamare "Re delle Fogne", che Batman si appresta a neutralizzare per ridare ai bambini la libertà.

Un misterioso ninja sta derubando le filiali della Wayne Enterprises e Batman scopre che il ninja è suo pari in combattimento. Il rancore contro Bruce Wayne e le capacità di eguagliarlo portano a ricordare solo una persona: Kyodai Ken.

Dopo che un importante giudice è rimasto ferito durante una colluttazione con alcuni delinquenti che lo ricattano, per soldi in cambio di un misterioso nastro, Bruce Wayne decide di fare un viaggio in un resort di Yucca Springs dove il giudice aveva trascorso le vacanze e ha consultato lo psichiatra, il Professor Hugo Strange.

Selina Kyle viene rapita dal malvagio ingegnere genetico, il Dr.Emile Dorian che la trasforma in un ibrido gatta-donna, fornendo un compagno al suo ibrido uomo-pantera chiamato Tygrus. Batman tenta di salvare Selina, ma viene catturato e utilizzato per testare la più grande creazione di Dorian, mentre Tygrus dà la caccia a Batman attraverso le giungle dell'isola.

Batman viene ricoverato ad Arkham, delirante. È stato infatti sottoposto ad un particolare gas dello Spauracchio, evaso per l'ennesima volta e oltre a liberarsi, l'eroe deve impedire che il criminale avveleni le terme della città.

Un criminale che si firma "il Folle Dinamitardo" ricatta la città provocando esplosioni; il suo modus operandi ricorda lo stesso di un antagonista di un episodio della vecchia serie televisiva Il Fantasma Grigio, di cui Bruce Wayne era appassionato da piccolo. Batman rintraccia il vecchio interprete, Simon Trent, ora attore ridotto così male che vende spesso al robivecchi i suoi ricordi, e gli chiede di aiutarlo. Dietro a tutto questo infatti vi è quel robivecchi, e la sua cattura regala nuova e meritata fama a Trent.

Batman deve fermare il piano di Roland Daggett di rilasciare una piaga virale progettata dal Professor Milo che secondo i suoi piani verrà introdotta a Gotham attraverso animali randagi. Il caso diventa di interesse di Catwoman quando la stessa viene infettata dal virus mentre è in cerca del gatto scomparso Isis.

Nell'anniversario della morte dei genitori di Bruce, Batman esprime dubbi sull'opportunità o meno di continuare la sua guerra individuale contro il crimine.

Joker, Killer Croc, Pinguino, Due Facce e Poison Ivy si incontrano a un tavolo da poker, ognuno raccontando una storia della volta in cui hanno quasi sconfitto Batman. Allo stesso tempo, Harley Quinn sta per uccidere Catwoman. Batman riuscirà a salvarla?

Batman salva il custode di uno zoo dall’attacco di un lupo mannaro e sempre allo zoo di Gotham scompaiono due esemplari di lupo siberiano. Il grande atleta Romulus(amico di Bruce Wayne) ambisce alla forma fisica perfetta e farà di tutto per ottenerla, persino usare steroidi derivanti dai lupi.

Quando un pipistrello di dimensioni umane saccheggia il porto di Gotham, Batman sospetta che il dottor Kirk Langstrom, stia assumendo di nuovo la formula Man-Bat. Batman non è l'unico. La moglie di Kirk, Francine, diffidente nei confronti del marito, decide di lasciarlo. Dopo ulteriori indagini, Batman scopre che questo Man-Bat non è Kirk, ma bensì qualcun altro...

La sera della vigilia di Natale il Joker scappa da Arkham, e trasmette uno speciale televisivo nel quale tiene in ostaggio Gordon, Summer Gleeson e Harvey Bullock: tocca quindi a Batman e Robin salvarli prima della mezzanotte.

Diverse rapine avvengono presso importanti aziende tra cui Wayne Enterprises e Bruce Wayne, nei panni di Batman, scopre che il ladro è una valigetta meccanica ambulante. Bruce incontra il suo vecchio amico Karl Rossum, un esperto di robotica che anni fa ha perso sua figlia in un incidente automobilistico.

Alcuni importanti esponenti pubblici, iniziano a comportarsi in modo diverso dal solito e essere nettamente più freddi e distanti. Mentre Bruce Wayne è al telefono il sistema di sicurezza della Batcaverna viene hackerato.

Edward Nygma crea il gioco "Il Labirinto del Minotauro", facendo guadagnare milioni all'azienda Competitron. Quando viene ingiustamente licenziato dal suo superiore, Daniel Mockridge, Nygma giura vendetta e due anni più tardi, nei panni dell'Enigmista, rapisce ed imprigiona Mockridge all'interno di una versione a grandezza naturale del suo labirinto del Minotauro.

Joker viene a sapere che il miliardario Cameron Kaiser ha inaugurato un casinò, chiamato Joker's Wild, sfruttando la sua inconfondibile immagine per far fortuna. Il clown è in collera per questo e intende vendicarsi su Kaiser distruggendo il suo locale: il magnate vuole proprio che Joker faccia questo, in modo da incassare l'assicurazione.

Un robot confuso che crede di essere Batman causa problemi al vero Cavaliere Oscuro.

Batman indaga su un famigerato cartello criminale globale, La Società delle Ombre, che ha iniziato ad operare a Gotham City.

Per dimostrare di avere una mente superiore, l'Enigmista attira Batman in una gara all'interno di un gioco per computer di realtà virtuale.

Joker, affiancato da Harley e i suoi scagnozzi, riproduce il suo aspetto su diverse specie di pesci, tutti avvelenati da una tossina di sua invenzione, e intende metterli in commercio. Non accettando il rifiuto di ottenere il copyright sui suoi "pesci-Joker" e i profitti, il clown minaccia alcuni burocrati.

Harley Quinn ha rotto con il Joker e si allea con Poison Ivy. Insieme devastano Gotham e ora Joker vuole prendere parte all'azione.

Mentre sono impegnati in un inseguimento ad alta velocità, la banda del Pinguino fugge e la Batmobile viene praticamente demolita.

Sidney Debris, un piccolo mafioso, si guadagna l'odio di tutti i nemici di Batman quando afferma di aver ucciso accidentalmente Batman durante una rissa.

Quando l'affascinante maga Zatanna viene incastrata per una rapina durante il suo spettacolo, Batman interviene in sua difesa.

Durante uno scontro con alcuni gangster in un cantiere edile, Batman e Robin scoprono il nome del loro capo: Billy Marin. Mentre Robin non vede l'ora di affrontare Marin, Batman si allontana e non permette a Robin di accompagnarlo nella ricerca di Marin, provocando un litigio alla Batcaverna.

Dopo l'ennesimo arresto, Oswald Cobblepot / Il Pinguino ha ottenuto la riabilitazione penale e viene rilasciato per buona condotta. Veronica Vreeland, un'amica di Bruce Wayne, ha bisogno di reintegrarsi nell'alta società e non ha molti invitati alle sue feste di beneficenza; su suggerimento dell'amico Pierce, la donna (per attirare l'attenzione) fa amicizia con Oswald.

Robin indaga con il Batcomputer e presto si rende conto che Billy Marin non è il vero nome del capo. Piuttosto, è uno pseudonimo di Tony Zucco , l'uomo che ha ucciso i suoi genitori John e Mary Grayson...

Bruce Wayne viene temporaneamente accecato quando il Pinguino ruba un nuovo elicottero della polizia con armi sviluppate da WayneTech.

Kyodai Ken rapisce Kairi, l'allieva migliore di Yoru Sensei, l'istruttore di arti marziali che ha insegnato a Kyodai che a Bruce. Il riscatto che il ninja chiede, è una pergamena che insegna la posizione del leggendario Tocco Mortale.

Il divorziato Lloyd "Eddie" Ventrix, ad un passo dal perdere la figlia Kimberly, ruba una tuta speciale che gli consenta l'invisibilità e ruba gioielli che poi regala a Kimberly, la quale crede ad un "amico immaginario", Mojo. A Batman il duro compito di rintracciare l'inafferrabile criminale.

Quando Robin viene misteriosamente rapito, la ricerca di Batman lo porta a incontrare Ra's Al Ghul, leader della Società delle Ombre, la cui figlia, Talia, è stata anche lei rapita.

Batman scopre il piano di Ra's Al Ghul di inondare la Terra di sostanze chimiche e riportarla ad essere un pianeta lussureggiante e verde, che distruggerà a sua volta tutta la vita che ora esiste!

Batman indaga su una serie di crimini sconcertanti e scopre che lo zar del crimine è un manichino di legno, manipolato da un uomo mite chiamato il Ventriloquo.

Credendo di essere la reincarnazione di Zeus, un pazzo magnate delle spedizioni ruba un cannone elettronico e lo monta in cima al suo attico per sparare "fulmini" ai "malvagi mortali" sottostanti.

Si dice che il commissario Gordon prenda tangenti da Rupert Thorne. Sua figlia Barbara vuole dimostrare che è innocente.

Robin, che scopre che Gil Mason è in combutta con un potente boss del crimine, incontra Batgirl mentre cerca di riabilitare il nome di suo padre.

Quando il corpo argilloso di Clayface comincia a disintegrarsi, è costretto a rubare per pagare i costosi ingredienti di un possibile rimedio.

La ricca socialite Veronica Vreeland ritorna dall'America Centrale portando piccole bambole fatte a mano per tutti i suoi amici, ma le bambole sono controllate dal Cappellaio Matto!

Il boss del crimine Rupert Thorne costringe suo fratello maggiore, un medico, a eseguire un delicato intervento chirurgico su di lui (Rupert) e rapisce la dottoressa Leslie Thompkins per assisterlo.