Teaser of Joss Whedon's new TV Show where the cast present their characters and Joss Whedon (Executive producer/Director/Writer) outlines the premise.

After the events of The Avengers, S.H.I.E.L.D. Agent Phil Coulson assembles a small team of agents to investigate a mysterious group called the Rising Tide. In doing so, they encounter Mike Peterson, a man who has acquired superhuman powers.

Coulson and his S.H.I.E.L.D. agents travel to Peru to investigate an object of unknown origin, codenamed 0-8-4. But when he runs into Comandante Camilla Reyes, more than just sparks fly at 30,000 feet.

When the brilliant scientist, Dr. Franklin Hall, is kidnapped, Agent Coulson and his S.H.I.E.L.D. agents must race against the clock to locate him. Skye is their only way in–pushing the team to their limits when the entire plan turns upside-down.

Agent Coulson and the S.H.I.E.L.D. team try to track down a mysterious woman who has single-handedly committed numerous high-stakes heists. But when the woman’s identity is revealed, a troubling secret stands to ruin Coulson.

An elusive girl in a flower dress may hold the key to the mystery that brings Coulson and team to Asia to rescue a young man with an unusual and dangerous power; and Skye has a secret that jeopardizes her relationship with the team right when they need her most.

When floating bodies turn up, Coulson and the agents of S.H.I.E.L.D. must hunt down an elusive killer. No one is safe - not even the team.

Dangerous secrets are being kept from Coulson's Team, and he works the system to save Ward and Fitz when they are sent on a Level 8 classified mission that may end in tragedy.

In the aftermath of the events chronicled in the feature film Marvel's Thor: The Dark World, Coulson and the agents of S.H.I.E.L.D. pick up the pieces–one of which threatens to destroy a member of the team.

Coulson and his team are haunted by a ghost that threatens to destroy them all, and only a secret from May's past can save them.

In a shocking cliffhanger episode, Coulson takes the war back to Centipede, and this time he brings in Michael Peterson for some super-soldier support. As they get closer to the truth, startling secrets are revealed and an unexpected twist threatens the team.

S.H.I.E.L.D. organizes a full scale hunt for Coulson. Meanwhile, Coulson uncovers vital information about the mystery of his death, but, with Centipede out for blood, this knowledge may come at the cost of one of the team!

Coulson and May uncover startling information about Skye's past, while the team is swept into a storm at a S.H.I.E.L.D. Academy of Science and Technology.

Hot on the trail of The Clairvoyant, Coulson and his team board a mystery train that seems to be headed for certain death.

Coulson goes on the attack to save Skye by enlisting the aid of Ward's former S.O. John Garrett and uncovers shocking truths about his own life and S.H.I.E.L.D.

When Coulson and his team are attacked by Lorelei - a deadly seductress who escaped from Asgard - Thor’s Lady Sif, her longtime nemesis, steps in to try to save them.

Agents Garrett and Triplett are back to help Coulson's Team track down S.H.I.E.L.D.'s nefarious enemy--The Clairvoyant. But will Deathlok destroy them all to protect his master's identity?

Coulson and his team find themselves without anyone they can trust, only to discover that they are trapped with a traitor in their midst.

With Colonel Glenn Talbot now on their trail, Coulson and his team seek refuge in the last place anyone would look, where they begin to uncover S.H.I.E.L.D.'s most dangerous secrets. Secrets that could destroy them all.

With their world turned upside down, Coulson races to save the life of his one true love as the mystery of "The Cellist," which began in Marvel's The Avengers, is finally revealed.

Just when there's no one left to trust, Agent Maria Hill returns to team up with Coulson as S.H.I.E.L.D. is being destroyed around them.

Ward's betrayal and HYDRA's shocking secrets are revealed as Coulson's team goes undercover on a mission that leaves no one unscathed.

Dark secrets are revealed as Coulson and his team put everything on the line to stop Garrett and the forces of HYDRA.

ニック・フューリーにシールド再建を託されたコールソン。潜入作戦の実行メンバーが機密情報を第三者に奪われてしまう。それは第2次大戦時、シールドがヒドラから押収した最初の“084”に関する情報だった。捕らえているウォードを尋問し手掛かりをたどると、情報を奪った男クリールは“触れた物質を吸収できる”特殊能力を備えていた。そして彼の背後にある真実を知ることになる……。

コールソンたちは、最初の“084”である“オベリスク”をクリールに奪われた上、さらに大切な仲間も失ってしまう。そして軍に捕らえられた傭兵ハンターは、タルボットにある取引を持ちかけられていた。一方、フィッツたちは軍から奪ったクインジェットから重要なステルス技術の分析を急ぐ。クリールとヒドラの接触を防ぎ、オベリスク奪還を図るシールドのメンバーたち。しかしオベリスクを狙っているのは彼らだけではなく……。

かつてシールド・アカデミーに在籍していたドニー・ギルには物を凍らせる能力が宿っていた。彼もクリール同様ヒドラに狙われていたが、彼らに立ち向かうことを決意。そのころ、シモンズは任務としてヒドラの研究所で情報収集を行なっていたが、スパイの疑いを掛けられる。ヒドラは忠誠を確かめるため、シモンズにギルをヒドラに引き入れることを強要する。そしてコールソンたちもギルを確保するためにカサブランカへ向かっていた。

マイアミのある教会が全焼し、焼け跡から奇跡的に500年前の絵画が見つかる。しかしなぜかその絵画の裏にはギャレットが残した図が描かれていた。コールソンとメイは、絵画がお披露目される教会再建パーティーに絵画を奪取するため潜入するが、そこにはタルボットの姿が……。作戦変更を余儀なくされるコールソンたちにタルボットがある提案を持ちかける。一方バスで待機するメンバーたちには危機的な事件が勃発していた。

オベリスクを手に入れたレイナは、それをある医者に渡していた。しかし、そのオベリスクを狙うヒドラの幹部ホワイトホールがレイナの命を脅かすことに……。48時間の猶予しか無いレイナは、オリベスクを取り戻すためにコールソンに接触し、ある提案を持ちかける。提案の内容は、シモンズの潜入を密告されたくなければ、スカイを引き渡すこと。コールソンは、大切な部下を守るかどうか決断を迫られる。

ニューヨーク国連本部でタルボットが演説しているとき、突然シールドを名乗る部隊が乱入し各国の代表が多数死亡する事件が発生する。この事件をきっかけに、ウォード上院議員が多国籍警察を設立し、あらゆる手段でシールドを一掃するべく動きだす。ヒドラに仕掛けられたシールドは、汚名を晴らすべく事態収拾に奔走、コールソンはウォード議員に直接交渉を試みる。そしてウォード議員は知られてはいけない秘密を抱えていた……。

シールドのメンバーたちは脱走したウォードを追ってフィラデルフィアを捜索、バスターミナルで発見するが彼は爆弾を装着していて確保できずにいた。その後ウォードはボストンでヒドラの幹部バクシと会うことに。一方、ニューヨークで猟奇殺人が発生、その死体には例の図が記されていた。捜査を進めていくと、コールソンとスカイが命を救われたGH325が関係していた。2人以外にGH325を投与された人物の手掛かりは？

オベリスクを持っている謎の医者は、ホワイトホールと手を組んでいた。そしてウォードは兄と再会した後、ホワイトホールたちと合流する。3人の真の目的は何か？　そしてシールドのメンバーたちは捕らえたバクシの言葉を頼りに、シールド創始者ペギー・カーターが封印していた資料からホワイトホールの秘密を探る。図が示す謎を解明したコールソンは、誰よりも早くたどり着くためにオアフ島、そしてオーストラリアに向かう。

バンクーバーではレイナがヒドラに狙われ、スカイとメンバーたちは救出に向かう。なぜヒドラはレイナを殺さず捕らえようとするのか。一方、コールソンたちは、プエルトリコに謎の地下都市を発見しヒドラよりも先に侵入を図る。この要塞の聖堂とオベリスクの関係は？　コールソンたちは地下へ通じる空洞を見つけ、調査用に ねぼすけ を派遣するが反応が途絶える。それを確認するため空洞に降りたマックに異変が……。

スカイたちはレイナを救出しバスに収容したが、ヒドラの戦闘機に囲まれてしまう。ヒドラに加わったウォードはレイナだけでなく、スカイも引き渡すよう要求する。やむを得ずスカイを引き渡すがヒドラの戦闘機は攻撃態勢に。誘拐されたスカイはウォードから“約束を果たす”と告げられる。一方、コールソンたちはヒドラが聖堂に入ってくる前に先手を打つべく、アジトへ侵入する。しかし、レイナがオベリスクを持ち出してしまう。

オベリスクによる大惨事はトリップによって回避することができたが、同時に大切な仲間も失ってしまう。シールド内の人間関係が不安定になる中、コールソンはヒドラを壊滅させるべく、捕らえていたヒドラの幹部バクシを利用し新たな作戦に出る。そのころ、スカイは謎の霧を浴びてしまったため隔離され検査を受けていた。彼女がどうなるのか予測不能な中、最初に変化に気付いたのはフィッツだった……。

In the digital series premiere, a Double Agent infiltrates the set of Marvel’s Agents of S.H.I.E.L.D. Working for a shadowy figure known only as the Mastermind, he encounters series regular Ming-Na Wen (Agent May) and show co-creator Jed Whedon as he works to stay ahead of Marvel Security and uncover secrets of the show.

ポルトガルの海岸で不可解な暴力事件が発生、その事件にはアスガルドからやって来たシフが関わっていた。シフと格闘していた相手の男は不明、そして彼女には記憶がなく、“カーヴァ”を探している、と答えるのみだった。コールソンたちは彼女と協力して事件の調査を進め、ようやく男の所在を突き止め捕まえる。しかし男の言葉から衝撃の事実を知らされる。その事実はコールソンにある大きな決断を迫ることとなる……。

謎の医者カルは仲間とともに、ある医療刑務所に収容されていた囚人を連れ出し、ウィスコンシン州のマニトワックという町へ向かう。そこには何があるのか、彼らの新しい目的とは……。一方、シールドで監視下に置かれることになったスカイは“インデックス”に登録するかどうか判断される状況にいた。コールソンとメイはアンドリューという専門家にスカイの診断を依頼する。そのころ、シールドからはハンターの姿が消えていた……。

The Double Agent visits various production departments. He uses the opportunity to secretly gather intel for the Mastermind and in the process meets Adrianne Palicki (Agent Bobbi Morse), Costume Designer Ann Foley, and Prop Master Scott Bauer. But Marvel Security is always watching...

ウォードはプエルトリコからホワイトホールの部下になっていたエージェント33と逃走、過去に“けじめ”をつけるためにタルボットが居る空軍への潜入を図る。彼らの狙いは？そのころ、ハンターは同僚のエージェント、マックに拘束されて、ある組織を訪れていた。そしてその組織には同僚のボビーの姿もあった……。一方、コールソンはスカイをシールドのメンバーから遠ざけ、ある安全な場所に避難させる決断をする。

ゴンザレスが率いる組織は、コールソン率いるシールドの行動に疑問を持ち、さらにコールソンとスカイをも警戒していた。そしてゴンザレスはとうとうシールドへの強硬手段を決断する。事の発端は“シールド崩壊の日”にさかのぼる。彼らの置かれていた状況とは……。そのころ、スカイが身を隠しているところに、ゴードンという特殊能力者が現われる。彼はスカイが霧を浴び、彼女に変化が訪れていることを知っていた……。

The Mastermind gives the Double Agent his most dangerous mission yet. After a run-in with Brett Dalton (Grant Ward), the set is put on lockdown by Marvel Security. While in the midst of a desperate cat and mouse chase, our Double Agent has an unexpected interaction with Elizabeth Henstridge (Agent Simmons).

スカイが目覚めると、そこにはゴードンと案内役のリンカーンが待っていた。そして今居る所が“安全な場所”で、自分が何千年も居なかった特別な存在だと告げられる。一方、シールドのメンバーたちは、ゴンザレス率いる組織に本部を占拠されていた。彼らはニック長官がコールソンに預けたツールボックスを狙っていた。そして魔女狩りを行なう彼らの目的とは？　シールドと彼らの関係とは？　脱出したコールソンの運命は？

7年前、コールソンとメイはロシアから逃亡した特殊能力者のベリヤコフを追ってバーレーンに来ていた。彼女と接触中に地元ギャングの邪魔が入りベリヤコフが立てこもる事態に。そこには民間人の少女も巻き込まれていた……。安全な場所で過ごすスカイは、能力を自制できるよう訓練を続けていた。そんな時ガイド役のジャーインから驚愕の事実を聞かされる。

シールドを辞めたフィッツは、追っ手を逃れコールソンたちと合流していた。彼らは特殊能力者の研究を続けているヒドラの幹部ストラッカーとリスト博士に接触するために、ウォードとエージェント33に取引を持ち掛ける。一方カルはスカイとミルウォーキーを訪れていた。そこにはかつて彼のオフィスがあり、スカイを案内しながら思い出に浸っていた。しかしそこにはリスト博士が送ったヒドラの兵士たちが向かっていた。

The Double Agent is tasked with finding the Season 2 finale, but his mission does not go as planned. In the process of evading Marvel Security, he runs into Chloe Bennet (Agent Skye) and Post Producers Chris Cheramie and Robert Parigi.

スカイと同様に安全な場所で過ごしていたレイナにも、謎の霧を浴びた後、ある特殊能力が備わっていた。彼女はヒドラに連れ去られたリンカーンに命の危険が迫る夢を見たという。スカイはリンカーンを助けるためにある場所に向かうことを決心する。一方ヒドラに拘束されたマイクを救うためにコールソンは自らマックとモースに連行されることを選ぶ。本部に戻ったコールソンは、ゴンザレスにヒドラの実験を止めるべく協力を要請する。

ソコヴィアの大惨事の後、ジャーインは巨大な石のことを聞かされ、ゴードンとレイナを捜索に行かせる。シールド本部ではスカイが救出されたリンカーンを看護していた。目覚めたリンカーンはスカイに仲間が危険だと告げる。またシールドのメンバーも特殊能力者であるリンカーンたちを脅威と感じていた。コールソンは彼らのリーダーと会談を設けるべく、スカイに仲介を依頼する。

On the run with a stolen copy of the Marvel’s Agents of S.H.I.E.L.D. finale, the Double Agent finds himself in a desperate car chase with Marvel Security. The Mastermind’s true identity is revealed and our adventure culminates in a startling conclusion. Special appearance by Clark Gregg (Director Coulson).

シールドと特殊能力者たちとの会談が始まるが事態は急転する。現場にいたスカイやシールドのメンバーたちは状況を把握できず混乱していた。スカイはレイナの能力を頼って彼女のもとを訪れるが、レイナはやっと答えが見つかったと告げる。一方で偵察に出動したモースとの通信がスペインで途絶え行方不明に。彼女の行方は？

カルはシールドに連行されていたときに謎の薬を飲んでいた。そして彼の身体に変化が始まる……。そのころジャーイン率いる特殊能力者たちは、シールドの空母を襲撃し制圧、さらに世界中のエージェントたちにS.O.S.を発信し、シールドの壊滅を狙う。特殊能力者たちの望みは何か？　コールソンやエージェントたちの運命は？

海に溶け出したテリジェンを含んだフィッシュオイルが市場に出て、それを飲んだインヒューマンズが次々と覚醒していた。シールドはその保護を試みるが、常に謎の集団に先を越されている。だがついに、高度危機抑制部隊ATCUの女性リーダー、ロザリンドの居所をつかむ。コールソンとロザリンドは互いに相手がインヒューマンズを隠していると考えていたが、第三者が新しいインヒューマンズを消しているらしいことが判明する……

モノリスが時空の扉らしいと知ったコールソンはその分野に詳しい元大学教授ランドルフに協力を要請し、彼の目撃談をもとにイングランドの古城へ向かう。古城の地下室にはモノリスの収納用と思われる穴と何かの機械が。機械のスイッチを入れると地下室全体が振動、モノリスは液化する……。一方、ジョーイをインヒューマンズ部隊に加えたいデイジーだが、鑑定に来たガーナーは慎重な観察とカウンセリングが必要だと諭す。

病院から逃亡したリンカーンはATCUの追っ手を振り切ったため、全国に指名手配される。デイジーからの電話にも警戒し、彼は唯一心を許せる友人ジョンの家に身を寄せる。だが報道を見たジョンにより当局に通報されてしまう。一方、メイとハンターはウォードに近づくべく、ヒドラとつながりのあるスパッドに接近。武器の売却を持ち掛けるが、ヒドラとの取引をするためにはファイト・クラブで勝つことを強いられる……。

アリーシャがインヒューマンズ仲間のローリとシェインの身を案じコールソンのもとへ現われる。シールドはリクルート任務を兼ねて北ハリウッドへ向かうが、途中でローリとシェインは殺されてしまう。2人はインヒューマンズの団結を訴えるメールを受け取っていた。PCの分析によりドワイト・フライという男が浮上する。一方、ヒドラに潜入したハンターは、メイの忠告に逆らって出掛けた初仕事でウォードに遭遇し……。

シモンズは、モノリスの向こう側で過ごした4722時間の間に何があったのかを克明に語る。14年前にNASAから派遣された宇宙飛行士ウィルとの出会い、彼のクルーに起きた悲劇、その惑星を支配する謎の存在、地球に戻るための努力、そして挫折。絶望の中でウィルと結ばれ、2人で生きていこうとしていた矢先にフィッツに救われたこと……。すべてを聞いたフィッツは、ウィルを救い出そうと動き始めるのだった。

爆発現場から助け出されたガーナーは一命を取り留める。ハンターは無謀な行動でガーナーを巻き込んだとしてミッションから外される。ウォードを捜すメイは、キーボから拷問を受けているアレクサンダーを救出。そこでアレクサンダーの口から衝撃の事実が明らかになる。一方、コールソンはロザリンドに同行してATCUの施設を見学する。そこはインヒューマンズを冬眠状態にして、治療方法を開発するための場所だった……。

ニューヨークの施設でジョーイの査定中だったガーナーの前にメイが現われる。メイに問い詰められたガーナーはその場でメイを拉致し、大学の旧校舎に立てこもる。そのころコールソンは、ATCUの顧問として大統領に会うためにロザリンドをゼファー・ワンに乗せてコロラドに向かっていた。しかしメイとガーナーがいなくなったと聞き、予定を変更する。一方、モースはハンターにウォードへの復讐を忘れようと提案する……。

マリックはウォードを殺そうと刺客を仕向けるが、ウォードは危機を切り抜けてフォン・ストラッカーの隠し金庫までたどり着く。コールソンはATCUとロザリンドの正体を見極めるため、秘密基地にロザリンドを招き入れる。デイジーたちがATCUの内部を探ると、そこにはインヒューマンズがひとりも収容されていないことが分かる。一方、フィッツとシモンズはひょんなことからヒドラと謎の組織のつながりに気付き……。

ロザリンドの自宅で念願のハンバーガーディナーを楽しむコールソンだったが、食事中にロザリンドが射殺される。間一髪で助かったコールソンは復讐を誓う。一方、マリックが時空の扉を開けようとしていると知ったフィッツとシモンズは遠隔惑星捜査隊の施設へ行くが、ヒドラに捕まってしまう。2人を救うためにマックはリンカーンとジョーイの現場参加を許可、ついにデイジー率いるインヒューマンズ部隊が結成される……。

ウォードたちはフィッツに扉を探させながら惑星を探索。古代都市の廃墟を発見し愕然とするが、ウォードは初めて天命を感じる。フィッツは案内人として同行させていたウィルと結託してウォードたちをまき、扉へ向かう。一方、シモンズはガーナーに助けられ、シールドの仲間たちは時空の扉の部屋を制圧。だが扉が開き始めたとき、フィッツが襲われる。メイがマックの命令で爆撃を始めると、モジュールが上昇してきて……。

コールソンはエリス大統領と秘密裏に落ち合い、インヒューマンズ問題の解決のためATCUの新しいリーダーをシールドの指揮下に置いて動くよう依頼される。一方、マリックの拠点では、ウォードの体に宿ったハイヴが徐々に体力を回復させていた。また、コールソンに任務を与えられてボゴタへ向かったデイジーとマックたちは、高速移動で武器を奪うインヒューマンズのエレナに遭遇するが、マックが誘拐されてしまい……。

Three diehard fans attend a casting session only to find that they have actually just enrolled at the Marvel's Agents of S.H.I.E.L.D.: Academy. Clark Gregg welcomes the new recruits and sends them off to begin the rigorous evaluation process. Do these recruits have what it takes to be a S.H.I.E.L.D. agent?

エリス大統領の依頼でATCUのリーダーに就任したタルボットは、コールソンとともにインヒューマンズに関するシンポジウムに出席することになる。目的は外国におけるインヒューマンズの情報収集と、ヒドラのスパイを発見してマリックの居所を突き止めること。しかしコールソンたちは、出席者の誰がスパイなのか見抜けないでいた。そんなとき、ハンターがトラックの中にインヒューマンズ収容用のクレートを発見する……。

マリックとペトロフを追跡してロシアに潜入したモースとハンターは、彼らがシベリアの奥地の工場跡にインヒューマンズ保護区を作ろうとしていることを突き止める。一方、マリックが首相の暗殺を企てていると悟ったコールソンは、クーデター阻止を最優先させることを命じる。ハンターは首相を狙撃から守り相手を射殺するが、遺体で発見された首相側近クルピン殺害の容疑まで掛けられて、インターポールの取り調べを受ける……。

Elizabeth Henstridge (Agent Jemma Simmons) puts the Recruit's intelligence to the test inspired by the episode "Beginning of the End." The recruit must quickly solve a complex series of equations before time expires in order to rescue Fitz, who's trapped underwater.

休暇を取って弟ルーベンを訪ねていたマックは、ネットでインヒューマンズ撲滅を訴えていたヘイトグループ「ウォッチドッグ」がATCUの施設にテロ攻撃を仕掛けたというニュースをテレビで知る。現場に近いマックは、コールソンからデイジーとフィッツに合流するよう命じられる。兄を保険会社勤務と信じるルーベンは、彼がシールドの一員とは思わずウォッチドッグを賞賛、久々の団欒ができなくなり反発する……。

ホームレスのチャールズは、触れた相手に未来に訪れる誰かの死を予見させる力を持つインヒューマンズ。ある朝、食事代を恵もうとしたエドウィンが彼に触れ、ヒドラに殺されることを予見する。そのときに見たデイジーを頼りシールドに連絡したエドウィンは、予言通りヒドラの攻撃により死亡。チャールズは拘束されるが、彼に触れたデイジーは悲惨な未来を見てしまう。その未来を変えに行くとデイジーは言い張るが……。

The Recruit must prove that they are courageous enough for field work as a S.H.I.E.L.D. Agent by completing this high-altitude challenge inspired by Director Coulson’s perilous skydive in the episode "Closure". Ming-Na Wen (Agent Melinda May) and Henry Simmons (Agent Alphonso "Mack" Mackenzie) introduce the mission. Brett Dalton (Hive) makes a surprise visit and raises the stakes with a devious twist.

マリックの自宅にウォード（ハイヴ）が現われ、娘のステファニーが大喜びする一方、マリックは50年前のことを思い出して顔を曇らせる。当時、時空の扉を超える旅人を選ぶくじ引きで、父親がマリックと弟には当たらないよう不正をしていた。ショックを受けた弟にマリックは正しい儀式を行なおうと告げたが、同じ不正で弟を犠牲にしたのだった。宿主の記憶を持つハイヴが、その話題をステファニーの前で持ち出し……。

デイジーとリンカーンはジョーイとエレナを迎えに行き、インヒューマンズ部隊を緊急結成。ゼファー・ワンごと捕らえられたコールソンたちを救うべくマリックの基地に向かう。無事にシールドの仲間を救い、マリックを捕らえたデイジーたちだったが、ウォードは「仲間を送り込んだ」と余裕の表情を見せる。そんな中、ハイヴへの信仰心が揺らいでいるマリックがコールソンに真実を語り始め、コールソンは基地を封鎖する……。

In this simulation, the Recruit assumes the role of a newly reborn Inhuman on the run from Hydra. The Recruit must race through an obstacle course and recover coordinates to a S.H.I.E.L.D. extraction point before his time expires. Luke Mitchell (Lincoln Campbell) encourages the Recruit along the way, but Brett Dalton (Hive) adds a high-speed twist to the challenge.

デイジーにシールドの基地を破壊されたコールソンは、ゼファー・ワンを移動基地として稼働させる。一方、デイジーの治療法を探していたフィッツとシモンズは、元GT農薬の研究員で超人化の研究をしていたラドクリフ博士に目を付ける。ルーマニアの秘密クラブで博士に会うところまでこぎ着けるが、デイジーとハイヴが現われて博士は拉致されてしまう。さらにハイヴはウィルの記憶を使いシモンズを翻弄するが……。

フィッツとシモンズはデイジーを治すための血清を作るが、インヒューマンズの実験台が必要だった。実験台になることを志願したリンカーンは、効果が出る前に免疫系が破壊される危険性を考えたシモンズとコールソンに反対されながら、自ら血清を注射する……。そんな中、顔認証ソフトによりデイジーの所在地が判明し、コールソンはチームを送り込むことを決意。一行はハイヴに買い取られた町サウスワイオミングへ向かう。

The Academy Recruits join Clark Gregg and the cast and crew of Marvel's Agents of S.H.I.E.L.D as they prepare for their big day playing agents on an episode of the hit show. Get a behind-the-scenes look as the Recruits go through hair, make-up, wardrobe and props before rehearsing their scene.

コールソンはタルボットに情報開示するため彼を基地に連れて行き、エレナやリンカーンたちを見せた上で、来るべきハイヴとの戦いのためにインヒューマンズについての報告を待つよう懇願する。一方、デイジーを救いたいと焦るリンカーンは、基地のシステムにハッキングしてきた彼女と連絡を取り、閉じ込められた部屋から脱出しようと試みる。そんな中、ハイヴはウォッチドッグをインヒューマンズ化実験の被験者にし……。

洗脳を解かれシールドに戻ったデイジーは、ハイヴについて知る限りの情報を明らかにする。また、ハイヴにATCUから盗まれた弾頭の行方を追っていたコールソンたちは、太平洋上のミサイル格納庫での異変を察知。フィッツがモーションキャプチャーを使って国防総省の高官に化け、ミサイルの発射を停止するコードを入手する。一方、マックたちはタヒチマシンを改良した機械でハイヴに接続し、ハイヴの精神を混乱させる……。

単身ゼファー・ワンに乗ったデイジーはハイヴへの依存症からきた離脱症状に耐え切れず、再びつながることを望むが戻れない。監禁状態のデイジーを乗せたゼファー・ワンは菌を拡散させるため、弾頭を積んで高度10万フィートを目指す……。一方、基地ではプリミティブ化した28人のエージェントがコールソンたちに襲い掛かる。コールソンはクインジェットで部下たちを逃がし、ひとりでゼファー・ワンに乗り込もうとする。

シールドを離れたデイジーは「クェイク」となり、テロリストたちの資金源や逃走ルートをつぶすために暗躍していた。そしてその中で、悪魔と取引をしたゴーストライダーの存在を知ってしまう。一方、新長官を迎えたシールドでは皆の業務も変化していた。そんなある日、ロサンゼルスで殺人事件が発生。犯行が疑われたのはデイジーだった。コールソンとマックはデイジーが逮捕される前に見つけようとロサンゼルスに飛ぶ……。

チェンたちが散乱した現場から押収した箱は、正体不明のテクノロジーを内蔵したものだった。箱の内張りに使われていた合金から「モーメンタム研究所」との関係が浮かび上がる。研究所には霊体のルーシーたちがいた。彼女が魔術書「ダークホールド」を使ったことにより、数年前からそのような状況に陥っているらしい。一方、コールソンは新長官メイスに呼び出され、シールドの見学に来た下院議員の案内を命じられる……。

エレナが親友の結婚を祝うパーティーに出席するためマイアミを訪れていた夜、会場周辺で大規模な停電が発生。犯人はインヒューマンズ解放軍を名乗り、「登録制度を廃止しない限り1時間おきに大都市の停電を引き起こす」と宣言する。一方、メイの重篤な容体に万策尽きたラドクリフは、メイをいったん殺して生き返らせるという大胆なアイデアを思いつく。また、デイジーはロビーとモーメンタム研究所を調べることに……。

重傷を負ったデイジーは不動産業者を装ってシモンズを呼び出し、手当てを受ける。再び姿を消そうとするデイジーを非難したシモンズは、彼女と行動をともにすることに。そして、インヒューマンズの個人情報がハッキングされていることが判明する。一方ロビーは、かつてモーメンタム研究所にいたイーライに「ダークホールド」について聞きに行く。ルーシーは魔術書をもとに人間の域を超えた装置を作ろうとしていた……。

目を覚ましたジョセフはルーシーに問い詰められ、「ダークホールド」のありかを答えて絶命する。しかし、自分自身が霊体となったルーシーは本を発見したものの、文字が読み取れなくなってしまっていた。そこでイーライの協力を求めることを決意。ヴィンセントとヒューゴを連れてイーライの収監先へ向かう。一方シモンズは、嘘発見器のテスト中にメイスに呼ばれ、ナディール上院議員とのテレビ討論の手伝いを頼まれるが……。

ルーシーがイーライをさらったため、ロビーの弟ゲイブの身を案じたデイジーは、ゼファー・ワンに彼をかくまうことにした。兄がシールドのエージェントだったのかと喜ぶゲイブ。しかし、デイジーとロビーを逮捕しようとメイスがそこに乗り込み、モジュールに身を隠すことを強いられて疑念が生じる。そんな弟のためにロビーはついに真実を語った。その後、彼らはメイスに見つかるが、ロビーの中のゴーストライダーが興奮し……。

消えたと思われたコールソン、フィッツ、ロビーは次元と次元のはざまに閉じ込められていた。その直後にメイやマックが戻ってくるが、彼らには3人の姿が見えない。メイは「ダークホールド」を使ってコールソンを救おうと、ラドクリフに相談する。しかし彼は、中身を一瞥しただけで情報量のすさまじさに恐れおののき、本を閉じてしまう。一方、シモンズが連れて行かれた先には、テリジェネシス中のインヒューマンズがいた……。

イーライは空気中からさまざまな元素を取り出せるようになり、ついには巨大な動力電池や核爆弾まで作っていた。それと呼応するかのようにロサンゼルスに地震が頻発する。イーライの居場所を突き止めたシールドは、デイジー、エレナ、ロビー、エイダを送り込んだ。しかし、エレナが偵察に入ると水とセシウムが反応して火災が発生。ひとり残ったロビーがイーライと対決しようとするが、動力電池の中で身動きが取れなくなり……。

エイダはラドクリフのオフィスにメイを監禁し、シールド基地にはメイのLMD（ライフ・モデル・デコイ）を潜り込ませていた。シールドの誰もがその事実に気付いていない中、メイスは直面する問題を解決すべく、役割分担を発表する。エイダのメモリー消去の担当になったラドクリフが電源を切ろうとしたとき、エイダが反抗。自らアップデートしたと言ってエージェントたちを倒し、基地のシステムを乗っ取ってしまう……。

デイジーの功績をたたえる集会の最中、メイスが狙撃される。メイスは無事だったが、避難所へ向かうクインジェットがさらなる襲撃を受けて不時着。電波が妨害され助けも呼べない状態に。一刻も早く通信を復旧しようとするコールソンとマックだが、メイスはバロウズが持って転落したかばんの捜索を優先させる。取り返したかばんの中身に青ざめたメイスのインヒューマンズらしからぬ様子に、コールソンとマックは驚く……。

デイジーがソコヴィア協定署名のために上院の審問会に呼ばれる。ナディール側がスタッフ総出で出席するため、シールドはその間にコールソンとエレナが忍び込んで監視用の装置を取り付ける計画を立てる。ところが、その作戦はナディールに筒抜けになっていて、シールドは再び存亡の危機を迎えるはめに。一方、依然としてラドクリフに捕らわれている本物のメイは、脳内世界で脱走のシミュレーションを繰り返していたが……。

ビリー・ケーニグが誘拐された。コールソンが彼に「ダークホールド」を預けたことをLMDメイが推理し、ラドクリフに報告したのだ。しかしビリーは、ショックリーが拷問したにもかかわらず、「ダークホールド」のありかについて口を割らない。暴力の嫌いなラドクリフは、ビリーの記憶を転送して彼の頭の中に入って探すことを提案する。一方、フィッツはLMDラドクリフの頭の中にあるコードを解読できずに落ち込み……。

コールソンとマックは、スペインでエイダそっくりのアグネスという女を発見。彼女はラドクリフの元恋人で不治の病にかかっていた。彼に裏切られたという想いを抱えながら、穏やかに過ごすアグネス。コールソンはそんな彼女にラドクリフ捜しの協力を求める。要請に応じる決意をしたアグネスだったが、呼び出したラドクリフに自分の病を今度こそ治せると聞かされると、コールソンたちが来る前に彼の車に乗り込んで……。

メイがフレームワークに捕らえられているということまで突き止めたシールドの面々。フィッツはラドクリフを手伝ってエイダやフレームワークを作ってしまったことに激しい自己嫌悪を覚える。一方、メイスのパワースーツのGPSがアラスカで探知されたが、その地点には壁一面にコールソンの追跡資料が貼られているのみでメイスの姿はなかった。そこにはかつてコールソンとメイが084の回収任務で訪れた場所の写真があり……。

コールソン、メイス、マック、デイジーがLMDと入れ替わったと思っていたシモンズだが、4人目のLMDはデイジーではなくフィッツだった。デイジーはインヒューマンズを基地に集めるように命じられて準備をする。しかしそのとき、何十体もの自分のLMDを発見。さらに監視カメラ映像でエージェントたちを殺すコールソンたちを目撃する。一方、シモンズは脳をマッピングされる寸前にフィッツのLMDから逃れて……。

フレームワークで目覚めたデイジーは、ウォードと一夜を明かした後だった。ウォードには「スカイ」と呼ばれ、訳の分からないままデイジーが出勤させられた先は、ヒドラのマークの付いたトリスケリオンだった。一方、地中で目覚めたシモンズは、ヒドラに捕まりそうになりながらも間一髪で逃れてコールソンのもとへ向かう。しかし、今や民間の一教師となったコールソンは生徒たちにヒドラのすばらしさを教育していた……。

コールソンは断片的ながら記憶を取り戻すが、まだ状況を理解していない。ヒドラが彼を捕らえようとしていることを察知したウォードは、デイジー、シモンズ、コールソンの3人をレジスタンスにかくまってもらう手はずを整えるが、デイジーはフレームワーク内にいるラドクリフの居場所を調べようと、ヒドラ本部へ戻ることに。一方、シモンズの侵入を知ったエイダは、フィッツに知られないうちに処理しようとして……。

メイスはヒドラの護送用バスを奪い、啓発育成センターという名の刑務所に仲間を救いに行こうと計画を立てた。メイスにシモンズは真実を打ち明けるが、フレームワークより現実世界重視のシモンズに対してメイスは激しく反発する。また、フィッツはアグネスを殺して以来、仕事への迷いを感じ始めていた。そんな彼を父親が励ます。一方、コールソン、メイス、バロウズは啓発育成センターに侵入。そこで救出された仲間とは……。

テリジェネシスでインヒューマンズとなったデイジーはメイとともに逃亡。その途中、エイダをトリスケリオンの窓から突き落とし、重傷を負わせた。フィッツはニュースキャスターのバクシに命じてデイジーとメイの情報を公開。市民に通報を呼びかける。一方、トリプレットの盗撮してきた図面を見たシモンズは、エイダの真の目的に気付く。そのための装置が現実世界でサペリアーの所有する石油掘削所にあることも判明し……。

デイジーとシモンズがフレームワークに旅立って10日。ゼファー・ワンが燃料切れ寸前となる中、ラドクリフから出口の場所を聞いたデイジーは、みんなを連れて向かうことに。フィッツの救出は現実世界に戻って体勢を立て直してからにしようと考えるデイジーだったが、シモンズはフィッツを捨て置けない。メイの話からフィッツの父親アリステアの存在を知ったシモンズは、彼の家に乗り込んでフィッツを呼ぶよう脅し……。

人間の体を得たエイダはフレームワーク内のヒドラでの研究によって、インヒューマンズの能力もまた手に入れていた。フィッツをさらってテレポートしたエイダは人間の感情を体験できて大喜びするが、今まで自分が殺してきた人々を思って激しい後悔にさいなまれる。フィッツの訴えを受け入れ、サペリアーにシールドへの攻撃停止を命じるエイダ。しかしエイダが自由意思を持つと同時に、サペリアーも彼女から解放されていて……。

単身フレームワークに乗り込んだエレナは、デイジーの計らいで、シャットダウンされるフレームワークから人々を避難させようと奮闘中のマックと再会する。だがマックはエレナを覚えていなかった。一方、人間となったエイダはゴーストライダーと遭遇。燃える鎖で腕を焼かれて恐怖心を抱いた彼女は、現実の世界をも葬り去ろうと決意する。まずはシールドの審問会にLMDのデイジーを送り、タルボットの暗殺を試みるが……。

ダイナーでシールドの面々をさらった男は人間の皮を着た異星人だった。「リストにない」とフィッツだけはなぜか残され、コールソンやデイジーたちは拉致されてしまう。次の瞬間、彼らは液状化した白いモノリスにのみ込まれ、宇宙ステーションのような場所に移動。そこはヴレルネクシアンと呼ばれる生物がのさばり、敵とみなしたものを襲ってくる世界だった。そんな中、シールドが人類を助けると信じる者たちがいて……。

粉々に砕け、もはや「球」ではなくなった地球を見て呆然とするメイとシモンズ。そしてコールソンから自分たちが未来に来ていると知らされる。一方、人間たちのフロアではクリーのリーダー、カサイアスの召し使いがナイフを振り回す男に刺されてしまう。思わず止血処置をしたシモンズの技術が看守の目に留まる。人間たちのストレスが高まっていると感じ取ったカサイアスは「リニューアル」という殺人イベントを開催し……。

カサイアスの召し使いになったシモンズは、耳に付けられた装置によって聴力を操作されていた。ある日、彼女は18歳の少女アビーの治療を命じられる。インヒューマンズになったばかりのアビーはまだ能力をうまくコントロールすることができないが、家族のためにあるセレモニーで力を披露しないといけないという。一方、コールソンとマックはメイとテスのスクラップ回収業務を手伝うふりをして、崩壊した地球を偵察し……。

ディークによってカサイアスに売り渡されたデイジーはシモンズと再会。また、人の心を読むインヒューマンズのベンと知り合い、カサイアスがインヒューマンズをオークションで売りさばいていることを知る。一方、グリルは借金を返さないガンナーという男を痛めつけるようマックから命じられる。ガンナーが35階の技術フロアからの荷物を待っていると知ったコールソンは、その階で何が行なわれているのかを探り始め……。

ダイナーで仲間たちが忽然と消え、ひとり残されたフィッツは米軍に捕らえられる。半年後、ある方法でハンターを呼び出したフィッツは彼を弁護士に化けさせて脱獄し、仲間たちの行方を捜す。皆が謎のトラックに乗せられたことを突き止めたフィッツとハンターが、トラックの持ち主イノックを訪ねると、彼は2人を待っていたと言う。人類学者のイノックは、予言者の描いた絵から人類滅亡の危機を知り、運命打開を図っていて……。

カサイアス主催のインヒューマンズ・オークションのため、予定外のテリジェネシスが行なわれることになり、18歳未満の少年少女が集められる。中にはテスがかわいがっている孤児のフリントもいた。インヒューマンズの将来をふびんに思ったエレナは彼をかくまうが、フリントはカサイアスの所へ行けばいい暮らしができると信じていた。また、フィッツは仲間たちを救うために「大金持ちと略奪者」としてオークションに乗り込み……。

デイジー、フィッツ、シモンズはカサイアスのもとから逃げ出すが、フィッツの用意していた逃亡用の宇宙船が爆破されてしまう。カサイアスの兄フォールナクによって、クェイクの捜索が開始される。そんな中、フリントは自分が逃げているせいで罪もない人々が殺されていることに悩んでいた。皆を助けるために力を使うようマックに諭されるものの、隙を見てシールドから離れ、テスを殺したクリー兵士に復讐しようとするが……。

2018年、世界の終末が近づき、未来に連れ去られたはずのシールドはライトハウスに向かっていたが、到着前に重力嵐に襲われる。そして2091年。フィッツとシモンズはタイムマシンらしき装置を発見。ディークの父の友人ヴォスが持つモノリスのカケラをはめると何かが起きるらしい。カケラをもっと集めれば元の時代に帰れるかもしれないと色めき立つコールソンたち。しかし、ディークはヴォスに不信感を抱き……。

フィッツとシモンズは未来のゼファー・ワンが電気を必要とせず、グラヴィトニウムによって動く仕組みになっていると知った。グラヴィトニウムが現実にあるということは地球の崩壊も現実だと悲観するフィッツに対し、シモンズは過去へ戻れるという事実に希望を託す。一方、ライトハウスに残ったマックたちはカサイアスのヴレルネクシアン攻めを乗り切るが、彼らの前に死んだはずのテスがカサイアスからの伝言を持って現われ……。

イノックひとりをゼファー・ワンに残し、コールソンたちはひそかにライトハウスに戻る。テスと同じように生き返らされたインヒューマンズが捕らえられていると知り、エレナが救出に向かうと、そこにいたのはもうひとりの自分だった。一方、すべてを失ったカサイアスはオディアムを飲み干し狂犬と化し、マックと死闘を繰り広げる。ゼファー・ワンで時空の扉の準備をしていたイノックは、クリー兵に襲われそうになるが……。

元の時代のライトハウスに戻ったシールドの面々は、ノアと名乗るクロニコムに迎えられる。ノアのモニターしていた異常事態の映像の中に「空からの光」を見つけたコールソンは、ゼファー・ワンでそこへ向かうことに。一方、死んだと思われていたディークは、なぜかシールドの面々と同じ時代に現われていた。初めて体験する破壊前の地球に感動するディークが、無銭飲食で警察に逮捕されたことをアラートで察知したデイジーは……。

ライトハウスの地下倉庫にあったモノリスの爆発によって時空の裂け目が出現し、シールドメンバーたちが心の底で恐れているものが実体を持って現われるという不思議な現象が起きる。フィッツはディークのベルトバックルの重力場発生装置と、グラヴィトニウムを使って裂け目を閉じる方法を思い付く。しかし、それは命を落としかねない危険な任務だったため、志願するコールソンをみんなが説得しようとすると……

ヒドラの創始者フォン・ストラッカーの息子アレクサンダーは施設に収容されていた。しかし、カウンセリング中に精神科医に襲い掛かって取り押さえられ、目覚めると見たこともない場所に来ていた。そこで幼なじみのルビーと再会する。人生のすべてを記憶するアレクサンダーは、父親からの虐待の苦しみもすべて鮮明に覚えており、ルビーの母親でもあるヘイル准将はそんな彼から情報を引き出すべく協力を求めるが……。

グラヴィトニウムは手に入ったものの圧縮方法が見いだせないため、フィッツは時空の裂け目をふさげないでいた。異常現象はどんどん激しくなり一刻の猶予も許されない中、フィッツ博士が現われ、メカ戦士を使ってマックを襲いデイジーを拉致する。フィッツ博士がインヒューマンズ実験を行なうものと思い、止めに行くフィッツだったが、フィッツ博士の目的はデイジーの力を抑制する装置を除去することで……。

コールソンがヘイルに連れて行かれた場所は、アレクサンダーが捕らえられていた施設だった。そこはかつてヒドラの若者の教育機関で、ヘイルもここで訓練を受けていた。28年前、ヘイルは男子に負けない優秀な成績で、ヒドラのために活躍することを夢見ていた。そしてヘイルは、ホワイトホール博士のもとで研究したいと願うが、そのポジションはストラッカーに奪われ、ホワイトホール博士からはあることを命じられ……。

ヘイルと手を組むことを拒んだコールソンは、独房に監禁されて拷問を受けていた。ヘイルはアレクサンダーに「粒子注入チェンバー」の組み立てを命じるが、研究の流出を恐れたストラッカーが情報をさまざまな場所に分けて記載しており、解読は難航する。シモンズは「ディークの存在は自分とフィッツが未来まで生きていることの証拠」とし、フィッツのヒドラ時代の情報から、グラヴィトニウムを利用した武器を探そうと提案し……。

フィッツ、シモンズ、エレナは、イギリスのヘレフォードシャーにあるヒドラの旧研究施設に潜入する。案の定、サペリアーとメカ戦士たちが「粒子注入チェンバー」を警護していた。フィッツたちは装置の破壊に成功するが、メカ戦士たちに見つかり包囲されてしまう。一方、ルビーに追われていたコールソンとタルボットは、絶体絶命のところでデイジーたちに救出される。だが、デイジーとルビーの対決のさなかヘイルたちが現われ……。

ルビーたちに脅されたフィッツとシモンズは、グラヴィトニウムの注入チェンバーを完成させる。警告を聞かずにチェンバーに入ったルビーは、8％までグラヴィトニウムを取り込んだところで錯乱してしまう。注入をストップするが、意識の中に入り込んだホワイトホール博士とイアン・クインの声に悩まされる。一方、フィッツとシモンズ、エレナたちの救出のため、ヘイルの秘密基地を突き止めてそこに乗り込むデイジーたちだが……。

コールソンたちがグラヴィトニウムの処理方法を検討していると、ライトハウスの上空に巨大な宇宙船が現われる。ヘイルと洗脳されたタルボットが伝えた情報によって、クォヴァス率いる略奪者軍団レモラスが、グラヴィトニウムを奪いに来たのだ。そのとき、異変を察知した古いプログラムが起動する。それをコールソンが適当に処理したため、ライトハウスは世紀末モードに入ってしまい、15年間の封鎖が告げられ……。

コールソンを連れてクォヴァスの船に乗り込んだタルボットは、グラヴィトニウムを武器にしてクォヴァスを従わせ、連合の集会に強引に出席。連合の真の狙いが「地球がサノスに滅ぼされる前にグラヴィトニウムを奪う」ことだと知ったタルボットは、カサイアスにそそのかされ未採掘のグラヴィトニウムでパワーアップしようと決意する。コールソンは、未来で地球を支配するのがカサイアスだとタルボットに伝え、信用するなと進言する。

グラヴィトニウムで怖い物なしとなったタルボットは、ゼファー・ワンに乗り込んでクインジェットを強奪する。タルボットは飛行記録からクリールの入院先を突き止め、救出するかのように見せかけてクリールをグラヴィトニウムに同化させて、そのまま自分の中に吸収してしまう。一方デイジーは、カサイアスのもとへ連れて行かれそうになるが、精神世界での対話に打ち勝ち、コールソンとメイを助けに行くが……。

残されたたった一つのムカデ血清を使って、コールソンを救うのか、タルボットを倒すのかをめぐり、シールドの面々は対立する。しかし、メイがオディアムの瓶を割るという強硬手段に出たため、必然的にコールソンを救うという決断が下される。だが、メイは最終的な決断はコールソン自身に委ね、血清のケースを病室に置いて出て行く。一方、タルボットはロビンを脅してグラヴィトニウムの在りかを聞き出し、シカゴに到着していた。

1年後。シモンズとデイジーたちは、宇宙でフィッツの行方を捜し続けていた。彼女たちはフィッツの船の情報を持っていると思われる異星人トロクと接触し、フィッツの低温凍結カプセルを発見するが、その中は空っぽだった。一方、地球ではマックを長官として新たにシールドが始動。彼らはインディアナ州の公園で異空間に通じる扉が開いたと聞き、駆け付ける……。

サージたちはコンビニを襲い、物資を調達する。その後、重要物質「PEG」が無いことに気付いた彼らは、宝石店へ強盗に入る。彼らを捕まえるべく捜査を続けるシールド。コンビニで採取されたサージのDNAをベンソンが分析し、驚くべきことを発見する。一方、宇宙ではフィッツが異星人に化けてシヴィア人の船に乗り組んでいたが、地球人だと素性がバレてしまい……。

フィッツを追ってナロ・アツィアに到着したシモンズたち。入国審査官にフィッツのことを聞いた途端、マラカイというクロニコムに襲われる。一方、フィッツとイノックは惑星キットソンに到着するが、商人のボイルたちにすべてを奪われてしまう。引き換えにもらったカジノのチップ１枚で、一獲千金を狙うフィッツ。イノックの計算能力を駆使してもうけていくが……。

シールドでは、ケラーがエレナとの関係をマックに打ち明けようとするが、話をさえぎられてしまう。そんな中、サージの一味による新たな犠牲者がシールド基地内に運ばれる。異様な遺体をベンソンが検視すると、遺体の中に鳥のような寄生生物がいた。その生物は飛び立ち、ケラーの体内に入り込んでしまい……。一方、サージはディークに会いに、VRゲーム会社を訪れ……。

サージに捕らえられたメイ。サージを見るとどうしてもコールソンと過ごした日々を思い出してしまうが、現実に立ち返り攻撃を仕掛ける。一方、イノックはフィッツをさらわれ自己嫌悪に陥っていた。シモンズたちが彼をさらったハンターの行方を捜していたところ、彼らの乗る宇宙船が船団に包囲される。乗り込んできたクロニコムのアタラは、自分たちの星が滅ぼされてしまったと言い……。

アタラに連行されたフィッツとシモンズは、クロニコム星が滅びたことを聞かされ、過去にさかのぼって問題を解決すべくタイムトラベルの方法を解明せよと命じられる。2人はマインド・プリズンに閉じ込められ、お互いの潜在意識や過去の記憶を目の当たりにする。抑圧していた別人格も現われる中で長く話し合い、あらためてお互いの愛を確認した2人は、タイムトラベルの危険性を説き、終身刑も覚悟でアタラの依頼を断わり……。

シールドの基地に連行されたサージは、コールソンとそっくりなためエージェントたちの注目を集める。サージはマックに対し、「今日の終わりには俺が上に立つ」と謎めいた予言をする。そんな中、ディークがサージの追跡装置の暗号を解除し、シールドが2匹のシュライクを探知。宿主たちを確保するが、1つのモジュールに入れたところでメイとエレナが危険な状態に陥って……。

アイゼルの思惑も知らず、クルーとして宇宙船レイジー・コメットに乗り込んだフィッツとシモンズは、地球を目指す。一方、メイとデイジーとディークを連れたサージは、アイゼルを迎え撃つため、宿主たちが巨大タワーを作るランデブー地点へ向かう。ゼファーを移動本部としたマックは、サージがタワーを破壊するための爆弾をトラックに積んでいることを告げられ……。

ジャコを引き連れゼファーを制圧したサージは、どんな犠牲を払っても目的を遂げようとし、マックと対立する。メイとデイジーは、トラックに積まれた爆弾をディークに解体させようとするが、なかなかうまくいかない。しかもそれが原子爆弾だと分かり……。一方、レイジー・コメットのクルーたちの異変に気付いたフィッツとシモンズは、それがアイゼルの仕業であることを知る。

サージを撃ったメイは身柄を拘束され自分の犯行であることを認めるが、しばらくしてエレナが尋問に訪れると身の潔白を訴える。エレナとデイジーは、銃嫌いのメイが銃を使ったことに違和感を覚える。アイゼルはメイから、パイパー、ディークへと乗り移り、シュライクの反応を頼りにある保管庫へ向かう。しかしディークの姿では入室を拒否されたため、誰が最高レベルの権限を持つ者なのか探り始め……。

エレナとマックを乗せたゼファーは、クローク機能を使い、シールド本部から行方が分からなくなる。ゼファー機内では、ベンソン博士の存在がアイゼルに知られてしまう。連れてこられた博士は、命に代えても話すまいとするが、死なせてしまった恋人の幻を見せると脅され、モノリスが見つかった寺院の場所をアイゼルに明かしてしまう。一方デイジーは、アイゼルに乗り移られない対策を練るようフィッツたちに命じ……。

アイゼルはフリントの力を知るとすぐさま乗り移り、周囲の砂を集めて3つのモノリスを復元。一方、ディークはフィッツ、シモンズと共同考案した音声周波バリア発生器を大量に作り、アイゼルの乗り移りをブロックする。また、マックとエレナを助けるために携帯式ジャンプ・ドライブを使おうと考えたディークだが、フィッツからアイデア泥棒呼ばわりされて口論に。テスト不十分のままのドライブを背負って寺院に飛び……。

メイが襲われたことを知ったデイジー、マック、エレナは愕然とする。そのころ、ライトハウスではマラカイたちクロニコム軍団が乗り込み、次々とエージェントを襲っていた。軍団はフィッツとシモンズの頭脳をハッキングし、シールドのすべてを熟知しているため逃げ場がない。フィッツとシモンズはフレームワークのデータを守るため自爆を覚悟するが、イザイアに化けたイノックが現われて2人を救い、ある解決策を提案し……。

Coulson and the Agents of S.H.I.E.L.D. are thrust backward in time and stranded in 1931 New York City. With the all-new Zephyr set to time-jump at any moment, the team must hurry to find out exactly what happened. If they fail, it would mean disaster for the past, present and future of the world.

With the identity of the timeline-unraveling "thread" revealed, the team's mission to protect him at all costs leads each agent to question their own values. Is preserving the future of the world as they know it worth the destruction they could prevent?

A surprise leap forward in time has stranded Enoch in 1931 and landed the team in yet another unfamiliar decade. Now, in order to stop the Chronicoms from launching their newest future-dismantling plan, the agents will have to infiltrate one of S.H.I.E.L.D.’s most secure bases. They won’t be able to succeed without help from a familiar face or two.

It was just another average morning on July 22, 1955, when Agent Phil Coulson realized the importance of that day in the S.H.I.E.L.D. history books. With a chip on his shoulder and a genre-bending glitch in his system, he’d set into motion a chain of events that would hopefully preserve the timeline as we know it and ensure those pesky Chronicoms get the ending they deserve. What could go wrong?

After a bumpy landing in the disco decade, the team – Daniel Sousa in tow – reunites with more than one familiar face at the S.H.I.E.L.D. hangout and discovers exactly how to dismantle the Chronicoms’ latest plan. But when they get too close for comfort, the Zephyr unexpectedly leaps forward again, this time to a date pivotal to not only the future of S.H.I.E.L.D. but to the future of Director Mack as well.

The stakes are higher than ever when, after blowing their cover and damaging the Zephyr in the process, the team must scramble to rescue Mack’s parents, save S.H.I.E.L.D. from a Chronicom infestation, and fix the ship … all before the next time-jump. Meanwhile, Daisy and Sousa find themselves at a disadvantage against a power hungry Nathaniel Malick and his goons, and Coulson will have to do the thing he does best in order to save the future.

After being unexpectedly stranded in 1982, Mack retreats to his childhood home to process the death of his parents, while Deke gets to work scouting a chart-topping group of new agents. With no idea if or when the team is coming back for them, time seems to finally be on their side … at least until the killer robots show up.

With the Zephyr’s time drive malfunctioning, the team is quite literally hurling toward disaster and Yo-Yo may be their only hope. The only problem? To get her powers back, she’ll need to enlist the help of an old adversary and revisit part of her past long hidden away.

A time storm ravages the Zephyr, propelling it toward destruction while simultaneously forcing Daisy and Coulson to relive their failed attempts to save the team over and over, until they find a solution or are swallowed by the storm. Making it to their next destination will take trust, courage and sacrifice from everyone on board, but it will all come down to having enough time.

After Enoch’s sacrifice propelled them out of the time storm, the team arrives back in 1983 where Nathaniel and Kora are hard at work building an army of hand-selected anarchist Inhumans at Afterlife. When the agents split up to cover more ground, Daisy is tasked with protecting Jiaying and is compelled to confront her mother for the first time since her death; while the others quickly learn they’ll need to face yet another supercharged former enemy in order to stop Malick.

With the help of Kora on the inside, Sibyl and Nathaniel continue their fight to shape a dark new future for S.H.I.E.L.D., managing to stay one step ahead of the agents along the way. If the team is going to turn this one around, they’ll have to get creative, and maybe even a little out of this world.

With their backs against the wall and Nathaniel and Sibyl edging ever closer to eliminating S.H.I.E.L.D. from the history books, the agents must rely on their strengths to outsmart and outlast the Chronicoms. This is their most important fight, and it will take the help of friends and teammates, past and present, to survive.

With their backs against the wall and Nathaniel and Sibyl edging ever closer to eliminating S.H.I.E.L.D. from the history books, the agents must rely on their strengths to outsmart and outlast the Chronicoms. This is their most important fight, and it will take the help of friends and teammates, past and present, to survive.