Trzynastoletnia Lain Iwakura jest nieśmiałą, cichą uczennicą, która trzyma się na uboczu. Pewnego dnia otrzymuje e-mail od koleżanki ze szkoły, która właśnie popełniła samobójstwo. Nie jest przerażona, ale zaciekawiona. Wkrótce zaczyna widzieć wizje, a jej życie zaczyna się zmieniać.

Klub Cyberia. Muzyka, światło i ludzie, którzy przychodzą tutaj, aby się zabawić i zapomnieć o rzeczywistości. Pojawia się też kolejna Lain, która wygląda bardzo podobnie, ale jej charakter i zachowanie są całkowitym przeciwieństwem poprzedniczki.

Wydarzenia z Cyberii sprawiają, że dziewczyny stają się małymi gwiazdami w swojej klasie. Ale dla Lain wciąż mają miejsce bardziej tajemnicze wydarzenia. Dziewczyna otrzymuje chip Psyche od tajemniczego darczyńcy, a dziwni Faceci w Czerni śledzą ją i okazuje się, że w WIRED jest jeszcze jedna "Lain".

Niepokojąca gra sieciowa o nazwie PHANTOMa ma dla graczy śmiertelne skutki. W miarę jak Lain prowadzi śledztwo w sprawie śmierci, jej rosnące zainteresowanie WIRED budzi niepokój ojca, Miki i Alice.